在道路交通方面，提倡使用公共交通。依托城市总体规划中确定的贯穿沙井、福永的南北向轻轨干道，另在本区内建设环形高架小型轻轨线路，既作为市民出行的交通工具，也是对外开展生态城市与生态农业旅游的交通手段。
提倡使用各类清洁及可再生能源如风能、沼气能、潮汐能并加强水资源的循环利用，城市各类废弃物要从一排了之的“排”阶段，改进到综合治理的“治”阶段，并进一步上升到循环使用、资源化的“化”阶段。
3.生态农业—桑基鱼塘示范农业区
规划中的桑基鱼塘示范农业区，位于115平方公里的生态农业科学城的西侧，紧临珠江口伶仃洋，规划面积3.5万亩(约计20余平方公里)。目前绝大部分的土地除个别村落外，均为大面积的桑基鱼塘，形成了阡陌纵横、鱼塘万亩的田园风光。
桑基鱼塘是常见的生态农业技术类型之一，它属于典型的水陆交换物质循环生态系统，同时综合了物质能量多层分级利用系统、相互促进的生物物种共生系统、渔业立体养殖系统、沿海滩涂和荡滩资源开发利用的湿地生态系统等多种生态农业系统的基本原理，在生态农业的具体应用中，具有非常的典型性和代表性。尤为可贵的是桑基鱼塘这种生态农业模式为我国人民，迄今已有二千余年的历史，在广东、江苏等地获得大规模推广，并取得了很好的经济与生态效益，因此具有广泛的社会影响。
该系统由基面子系统和鱼塘子系统两部分组成，前者为陆地系统，后者为水生生态系统。它是由基面种桑(或果、花)、桑叶喂蚕、蚕沙(粪)养鱼、鱼粪肥塘、塘泥为桑施肥等多个生物链所构成的、完整的、水陆相互作用的人工生态系统。在这个系统中通过水陆物质交换，使桑、蚕、鱼、菜等各业协调发展，整个系统没有废弃物，处于一个良性循环之中。
近10多年来，传统的基塘生产方式又进一步发展为桑基、鱼塘、农舍三结合的农村生态系统。通过引进沼气工艺，沼气渣既可作肥，又可进入鱼塘，促进浮游生物的生长以作为鱼饲料，还可培育蘑菇，它使基塘生产方式进入了新的阶段。
规划考虑利用本地区的传统优势，按照桑基鱼塘的技术要求，完善和规范本地区的生产模式，使之成为整个珠江三角洲地区有代表性的桑基渔塘生态农业示范区。
在规划中的该示范区内，主要由三种类型的功能区组成。一是旅游度假区，其中又分别包括东、西、南三块。西区是起步区，濒临大海；东区是未来建设的旅游中心区，正对沙井、福永组团隔离绿带的中轴线；南区地处南端，临近深圳黄田机场和福永码头。第二类功能区是保留下来的村镇居民点，应结合生态农业示范区的建设，将它们改造成生态农业示范村，并为未来的生态旅游提供劳动服务人员和特色住宿设施。除以上外，剩余地区均为重新规整过的鱼塘，其中又根据不同区位，分别环绕三个旅游度假区形成桑基鱼塘区、花基鱼塘区、果基鱼塘区。
4.生态旅游—滨海田园风光旅游度假区(起步区)规划
按照20平方公里的桑基鱼塘生态农业示范区的规划构想，将在东、西、南建设三块旅游度假区，其中西区为起步区，占地约2.3平方公里。
该地区发展生态旅游有得天独厚的优势。首先交通区位优良，依托近在咫尺的福永码头、黄田机场和广深高深公路可以方便地通达深圳、广州、香港、珠海、东莞、惠州等各大中城市，客源基数大，消费水平高。其次自然景观优良，站在海堤西望，只见波光粼粼、海天一色，回首陆上又见茂密的苇塘、桑树和各类果木。正如当地领导所言：“一边是海，一边是几万亩鱼塘，而且保护得很好，这样的自然风光，这样的生态环境，这样丰富的资源，不要说在广东，就在全国也很难找到”，并建议要“加快规划、开发、建设、发展，使之成为新的旅游景点和经济增长点。”因此在本地区依托沙井、福永生态农业科学城和桑基鱼塘生态农业示范基地，开展适度规模的以观光农业为主体的生态旅游，市场前景必大为可观。
