（1）发明专利申请的主动修改。根据专利法实施细则第51条第1款的规定，发明专利申请人在提出实质审查请求时以及在收到专利局发出的发明专利申请进入实质审查阶段通知书之日起的三个月内，可以对发明专利申请主动提出修改。
即在这两个时间点，申请人可以对其申请文件进行主动修改。为何要规定这两个时间点呢？
原因是此时尚未开始实质审查，而审查员开始审查时，可以直接依据申请人修改后的申请文件、尤其是权利要求进行审查。或者说，审查员可以直接针对修改后的权利要求进行新颖性检索和创造性判断。而如果将主动修改的时间拖后，将可能造成审查员针对申请人提交的原始申请文件进行检索，而检索后申请人通过修改改变了权利要求，将造成审查员在先的检索工作白做。
因此，在提出实审请求时，及收到专利局发出的进入实质审查阶段通知书后的三个月内进行主动修改，对发明专利的实审工作将最为有利。当然，从申请人的角度来讲，修改的时机当然是越靠后越合适。是否将来能允许申请人主动修改的时间再靠后一些，应当是需要考虑和平衡的问题。
（2）发明专利申请被动的修改。根据专利法实施细则第51条第3款的规定，如果申请人在收到专利局发出的审查意见通知书后修改专利申请文件，应当针对通知书指出的缺陷进行修改，该规定就是被动的修改。即修改时只能针对通知书中指出的缺陷，而未指出的部分不能进行修改。原因是如果允许对未指出的部分可以进行修改，则基于未指出的部分已经有了结论，如果允许再修改，等于审查员还要针对修改后的权利要求进行再次检索，将造成审查工作的浪费。
实用新型专利和外观设计专利申请人修改申请文件的时间被限制为自申请日起3个月内。同时，法律对专利申请文件的修改有限制性规定，即对发明或者实用新型申请文件的修改，不得超出原说明书和权利要求书所记载的范围。对外观设计专利申请文件的修改，不得超出原图片或者照片所表示的范围。也就是说，对说明书的修改，主要限于非实质性部分，对于实质性部分，比如发明目的、技术解决方案和实施例等，则不允许修改。权利要求书的修改，应当以说明书为依据，不能超出说明书的范围。对外观设计图片或者照片的修改，仅限于对不清晰的线条或者对视图的明显差错部分的修改。
从法定修改的时机来讲，应当说就是上述两种情况。当然，也有例外的时候，即根据审查指南的规定，如果申请人在“非法”的时间里提出了修改，或者超出通知书指出的缺陷进行了修改，如果这样的修改被审查员接受了，即审查员认为该修改是正确的，具有授权前景，可以加快审查程序，这样“非法”的修改可以转为“合法”的修改。尽管这样的情况出现的并不多，但审查指南该规定显然是合理的，即开了个口子，体现了专利局尊重申请人、服从真理的认真态度。
