三色堇是堇菜科堇菜属的二年或多年生草本植物。基生叶叶片长卵形或披针形,具长柄,茎生叶叶片卵形、长圆形或长圆披针形,先端圆或钝,边缘具稀疏的圆齿或钝锯齿。茎高10-40cm,全株光滑。地上茎较粗,直立或稍倾斜,有棱,单一或多分枝。基生叶叶片长卵形或披针形,具长柄;茎生叶叶片卵形、长圆状圆形或长圆状披针形,
先端圆或钝,基部圆,边缘具稀疏的圆齿或钝锯齿,上部叶叶柄较长,下部者较短;托叶大型,叶状,羽状深裂,长1-4cm。花大,直径约3.5-6cm,每个茎上有3-10朵,通常每花有紫、白、黄三色;花梗稍粗,单生叶腋,上部具2枚对生的小苞片;小苞片小,卵状三角形;萼片绿色,长圆状披针形,长1.2-2.2cm,宽3-5mm,先端尖,边缘狭膜质,基部附属物发达,长3-6mm,边缘不整齐。